Patrycja Grala, Katarzyna Błońska

Należy zdiagnozować metodami teoretycznymi pewne zjawisko i postawić hipotezę popartą naukowymi dowodami -

Analiza bioinformatyczna.

Po ciężkim ataku grypy po kilku godzinach/dniach poprawy nagle niektórzy pacjenci zapadają na inną chorobę, która bardzo często prowadi do śmierci. Objawami choroby są: ogólna apatia, słabość, utraty przytmności, śpiączki, bardzo silne blednięcie, niedokrwistość. Śmierć następuje w skutek osłabienia organizmu, niedokrwistośći, marskości nażądów wewnętrznych, niewybudzenie ze spiączki, niedotlenienie mózgu. W czasie sekcji zwłok wykrywano liczne zakrzepy wewnątrz naczyń krwionośnych, w których stwierdzono silnie zniszczone i zdeformowane erytrocyty oraz bardzo duży udział immunoglobulin w kompleksach ze specyficznymi peptydami.

W trakcie analiz immunologicznych pacjentów jeszcze za życia zidentyfikowano peptyd wirusa (fragment kapsydu), który rozpoznawany jest przez limfocyty T. Do tej pory odkryto kilka typów tych peptydów i podzielono je ze względu na nasilenie objawów grypy oraz zakres powikłań pogrypowych. Vir1 - najsilniejsze objawy grypy, prawie wszyscy pacjenci zmarli w wyniku powikłań, Vir2 - lżejszy przebieg grypy, prawie wszyscy pacjenci zmarli, Vir3 - lekki przebieg grypy, część pacjentów (około 60%) zmarło. Stwierdzono również, że w krajach tropikalnych część pacjentów odpornych na malarię jest również odporna na powikłania pochorobowe, podobną odporność ma niewielka część ludzi z innych klimatów cierpiących na niedokrwistość wrodzoną.

Sekwencje kapsydów
>vir_1A
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGR
>vir_1B
LTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGR
>vir_2A
LTPEESGVTALWGKVNVDEVEALGR
>vir_2B
HITPEESGVTALWGKVNVDEVEALGR
>vir_2C
TPEEKSGVTALWGKVNVDEVEALGR
>vir_3A
AITPEEKSAGAVTAIWAKVNVDE
>vir_3B
ALHPEEKSAGAAVTAIWANVDEV
>vir_3C
MITPEEKSAGAVTAIWGVDE

Wyniki analizy ClustalW i BLASTP 2.2.24+

 Wyniki analizy ClustalW
SeqA Name     Len(aa)  SeqB Name     Len(aa)  Score
===================================================
1    vir_1A   30       2    vir_1B   28       100  
1    vir_1A   30       3    vir_2A   25       60   
1    vir_1A   30       4    vir_2B   26       57   
1    vir_1A   30       5    vir_2C   25       76   
1    vir_1A   30       6    vir_3A   23       73   
1    vir_1A   30       7    vir_3B   23       52   
1    vir_1A   30       8    vir_3C   20       60   
2    vir_1B   28       3    vir_2A   25       60   
2    vir_1B   28       4    vir_2B   26       57   
2    vir_1B   28       5    vir_2C   25       76   
2    vir_1B   28       6    vir_3A   23       73   
2    vir_1B   28       7    vir_3B   23       52   
2    vir_1B   28       8    vir_3C   20       60   
3    vir_2A   25       4    vir_2B   26       96   
3    vir_2A   25       5    vir_2C   25       84   
3    vir_2A   25       6    vir_3A   23       43   
3    vir_2A   25       7    vir_3B   23       21   
3    vir_2A   25       8    vir_3C   20       25   
4    vir_2B   26       5    vir_2C   25       84   
4    vir_2B   26       6    vir_3A   23       43   
4    vir_2B   26       7    vir_3B   23       21   
4    vir_2B   26       8    vir_3C   20       25   
5    vir_2C   25       6    vir_3A   23       43   
5    vir_2C   25       7    vir_3B   23       21   
5    vir_2C   25       8    vir_3C   20       25   
6    vir_3A   23       7    vir_3B   23       69   
6    vir_3A   23       8    vir_3C   20       75   
7    vir_3B   23       8    vir_3C   20       65   
=================================================== 





 
WNIOSKI


Można stwierdzić że sekwencje powtarzające się (konseratywne) w każdym typie wirusa kodują białko rozpoznawane 
przez ludzki układ odpornościowy a sekwencja EALGR odpowiada za zwiększoną letalność u wirusów typu 1 i 2.

Sekwencja aminokwasowa EALGR znajdujšca się w Vir1 i Vir2 może świadczyć o ich większej zjadliwości, co może doprowadzić do śmierci pacjentów,

zaś brak tej sekwencji u Vir3 może objawić się mniejszš śmiertelnościš.

W podanych wyżej sekwencjach aminokwasowych możemy zauważyć zgodność 3 bloków aminokwasowych u wszystkich typów 
wirusów, co najprawdopodobniej świadczy o zdolności ich łšczenia się z immunoglobulinami.


             Wyniki BLASTP 2.2.24+ :

Znalezione sekwencje które pokrywały się z sekwencjami wirusa:

Chain B, Human Hemoglobin A Mutant Beta H63w Carbonmonoxy-F

beta globin [Homo sapiens]

Chain D, Neutron Structure Analysis Of Deoxy Human Hemoglobin

truncated beta globin [Homo sapiens] >gb|ACF16772.1| truncated b

mutant beta-globin [Homo sapiens]


WNIOSKI PO DOKONANEJ ANALIZIE SEKWENCJI


 Dzięki wykonanym analizom możemy wywnioskować, że sekwencje wirusów sa homologoczne do cząsteczki hemoglobiny. 
Podobieństwo tych sekwencji może świadczyć o wspólnym pochodzeniu. Zatem, gdy w organizmie dojdzie do zakażenia, 
którymkolwiek z wyżej wymienionych wirusów, wówczas nasz system odpornościowy może (oprócz obcych czšsteczek) 
rozpoznawać jako obcš właśnie hemoglobinę, co może następnie doprowadzić do chorób autoimmunologicznych. 

W takiej sytuacji, przeciwciała łączą się również z hemoglobiną i mogą naznaczyć je w celu zniszczenia.

Jedynie u osób chorych na anemię sierpowatš dzięki temu, że majš zmienionš sekwencję aminokwasowš hemoglobiny. 

przeciwciała nie łączą się z nią (hemoglobiną), w wyniku czego nie dochodzi do agresji przeciw własnemu organizmowi


 Poza tym Wirulentność najprawdopodobniej zależy od sekwencji aminokwasowej białek kapsydu. W sekwencji tej możemy 

zaobserwować regiony konserwatywne obecne u wszystkich analizowanych wirusów. Są to sekwencje, które odpowiadają 
przede wszystkim za immunogenność. Poza tym, wszystkie analizowane sekwencje aminokwasowe wykazujš podobieństwo 
do sekwencji łańcuchów ludzkiej beta hemoglobiny. Po zwalczaniu wirusa przeciwciała mogą być skierowane przeciw 
ludzkim białkom o sekwencji homologicznej do sekwencji białek wirusowych, a to może wywołać chorobę o podłożu 
autoimmunoagresji. 





          Analiza przy pomocy programu RasMol: 



czasteczka hemoglobiny


hemoglobina z zaznaczonym lancuchami B, 

 






NA PODSTAWIE MULTIPLE ALIGNMENT, W CZĽSTECZCE HEMOGLOBINY NA ŁAŃCUCHU BETA ZAZNACZONO SEKWENCJE KONSERWATYWNE WZGLĘDEM SEKWENCJI WIRUSÓW 

Sekwencja homologiczna dla hemoglobiny i wir1


       


Sekwencja homologiczna dla hemoglobiny i wir2


       

Sekwencja homologiczna dla hemoglobiny i wir3


       


        Hydrofobowość


Na podstawie hydrofobowości aminokwasów według Kyte&Doolittle sporzadzono profil hydrofobowosci hemoglobiny 
Struktura hemoglobiny (1HBA).Gradient kolorów  poszczególnych atomów odpowiada dokładnie wartości hydrofobowości 
aminokwasów:(najciemniejszy niebieski- aminokwasy najbardziej hydrofilne (ciemne - wartości najwyższe,  jasne -  
wartości najniższe hydrofobowości/hydrofilowości). Woda zaznaczona jako gwiazdki
 ; najciemniejszy czerwony- 
aminokwasy najbardziej hydrofobowe)







Skrypt

Do stworzenia profilu hydrofobowości tej molekuły w programie RASMOL wykorzystano sporzšdzony w notatniku skrypt 
o następujšcych komendach:



select arg
color [000,000,250]
select lys
color [000,000,221]
select asp
color [000,000,199]
select glu
color [000,000,199]
select asn
color [000,000,199]
select gln
color [000,000,199]
select his
color [000,000,175]
select pro
color [000,000,079]
select tyr
color [000,000,063]
select try 
color [000,000,045]
select scr
color [000,000,039]
select thr
color [000,000,033]
select gly
color [000,000,009]


select ala
color [250,000,000]
select cys
color [238,000,000]
select phe
color [215,000,000]
select ile
color [159,000,000]
select leu
color [142,000,000]
select met
color [108,000,000]
select val
color [102,000,000]

select all
spacefill
select water
color yellow
stars







                                Tabela ExPASy tools



Dzięki ExPASy tools możliwe było wykonanie szeregu czynności prowadzšcych do poznania między innymi 
budowy, cech, a także właściwości analizowanych molekuł (sekwencji).




Nazwa Sekwencja aa Sekwencja DNA Ip molWt Aa composit. Hydrofob + profil Hydrofil + profil Antygen + profil Second. Struct.
1HBB VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGR gtgcatctgaccccggaagaaaaaagcgcggtgaccgcgctgtggggcaaagtgaacgtg gatgaagtgggcggcgaagcgctgggccgc 4.96 3162.55 Ala (A)   3	 10.0%
Arg (R)   1	  3.3%
Asn (N)   1	  3.3%
Asp (D)   1	  3.3%
Cys (C)   0	  0.0%
Gln (Q)   0	  0.0%
Glu (E)   4	 13.3%
Gly (G)   4	 13.3%
His (H)   1	  3.3%
Ile (I)   0	  0.0%
Leu (L)   3	 10.0%
Lys (K)   2	  6.7%
Met (M)   0	  0.0%
Phe (F)   0	  0.0%
Pro (P)   1	  3.3%
Ser (S)   1	  3.3%
Thr (T)   2	  6.7%
Trp (W)   1	  3.3%
Tyr (Y)   0	  0.0%
Val (V)   5	 16.7%
Pyl (O)   0	  0.0%
Sec (U)   0	  0.0%

 (B)   0	  0.0%
 (Z)   0	  0.0%
 (X)   0	  0.0% MIN: -1.289 MAX: 1.100 MIN: -0.733 MAX: 0.722 Max_score_pos at "*"

(1) Score 1.087 length 16 at residues 8->23
              *
 Sequence: KSAVTALWGKVNVDEV
           |              |
           8              23

SOPMA :
   Alpha helix     (Hh) :    12 is  40.00%
   310  helix       (Gg) :     0 is   0.00%
   Pi helix        (Ii) :     0 is   0.00%
   Beta bridge     (Bb) :     0 is   0.00%
   Extended strand (Ee) :     3 is  10.00%
   Beta turn       (Tt) :     4 is  13.33%
   Bend region     (Ss) :     0 is   0.00%
   Random coil     (Cc) :    11 is  36.67%
   Ambigous states (?)  :     0 is   0.00%
   Other states         :     0 is   0.00%
Vir_1A VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGR gtgcatctgaccccggaagaaaaaagcgcggtgaccgcgctgtggggcaaagtgaacgtg gatgaagtgggcggcgaagcgctgggccgc 4.96 3162.55 Ala (A)   3	 10.0%
Arg (R)   1	  3.3%
Asn (N)   1	  3.3%
Asp (D)   1	  3.3%
Cys (C)   0	  0.0%
Gln (Q)   0	  0.0%
Glu (E)   4	 13.3%
Gly (G)   4	 13.3%
His (H)   1	  3.3%
Ile (I)   0	  0.0%
Leu (L)   3	 10.0%
Lys (K)   2	  6.7%
Met (M)   0	  0.0%
Phe (F)   0	  0.0%
Pro (P)   1	  3.3%
Ser (S)   1	  3.3%
Thr (T)   2	  6.7%
Trp (W)   1	  3.3%
Tyr (Y)   0	  0.0%
Val (V)   5	 16.7%
Pyl (O)   0	  0.0%
Sec (U)   0	  0.0%

 (B)   0	  0.0%
 (Z)   0	  0.0%
 (X)   0	  0.0% MIN: -1.289 MAX: 1.100 MIN: -0.733 MAX: 0.722 Max_score_pos at "*"
(1) Score 1.087 length 16 at residues 8->23
*
Sequence: KSAVTALWGKVNVDEV
| |
8 23
SOPMA :
   Alpha helix     (Hh) :    12 is  40.00%
   310  helix       (Gg) :     0 is   0.00%
   Pi helix        (Ii) :     0 is   0.00%
   Beta bridge     (Bb) :     0 is   0.00%
   Extended strand (Ee) :     3 is  10.00%
   Beta turn       (Tt) :     4 is  13.33%
   Bend region     (Ss) :     0 is   0.00%
   Random coil     (Cc) :    11 is  36.67%
   Ambigous states (?)  :     0 is   0.00%
   Other states         :     0 is   0.00%
Vir_1B LTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGR ctgaccccggaagaaaaaagcgcggtgaccgcgctgtggggcaaagtgaacgtggatgaa gtgggcggcgaagcgctgggccgc 4.59 2926.28 Ala (A)   3	 10.7%
Arg (R)   1	  3.6%
Asn (N)   1	  3.6%
Asp (D)   1	  3.6%
Cys (C)   0	  0.0%
Gln (Q)   0	  0.0%
Glu (E)   4	 14.3%
Gly (G)   4	 14.3%
His (H)   0	  0.0%
Ile (I)   0	  0.0%
Leu (L)   3	 10.7%
Lys (K)   2	  7.1%
Met (M)   0	  0.0%
Phe (F)   0	  0.0%
Pro (P)   1	  3.6%
Ser (S)   1	  3.6%
Thr (T)   2	  7.1%
Trp (W)   1	  3.6%
Tyr (Y)   0	  0.0%
Val (V)   4	 14.3%
Pyl (O)   0	  0.0%
Sec (U)   0	  0.0%

 (B)   0	  0.0%
 (Z)   0	  0.0%
 (X)   0	  0.0% MIN: -0.967 MAX: 1.100 MIN: -0.733 MAX: 0.722 Max_score_pos at "*"
(1) Score 1.087 length 16 at residues 6->21
*
Sequence: KSAVTALWGKVNVDEV
| |
6 21 SOPMA :
   Alpha helix     (Hh) :    12 is  42.86%
   310  helix       (Gg) :     0 is   0.00%
   Pi helix        (Ii) :     0 is   0.00%
   Beta bridge     (Bb) :     0 is   0.00%
   Extended strand (Ee) :     1 is   3.57%
   Beta turn       (Tt) :     4 is  14.29%
   Bend region     (Ss) :     0 is   0.00%
   Random coil     (Cc) :    11 is  39.29%
   Ambigous states (?)  :     0 is   0.00%
   Other states         :     0 is   0.00%
Vir_2A LTPEESGVTALWGKVNVDEVEALGR ctgaccccggaagaaagcggcgtgaccgcgctgtggggcaaagtgaacgtggatgaagtg gaagcgctgggccgc 4.25 2669.97 Ala (A)   2	  8.0%
Arg (R)   1	  4.0%
Asn (N)   1	  4.0%
Asp (D)   1	  4.0%
Cys (C)   0	  0.0%
Gln (Q)   0	  0.0%
Glu (E)   4	 16.0%
Gly (G)   3	 12.0%
His (H)   0	  0.0%
Ile (I)   0	  0.0%
Leu (L)   3	 12.0%
Lys (K)   1	  4.0%
Met (M)   0	  0.0%
Phe (F)   0	  0.0%
Pro (P)   1	  4.0%
Ser (S)   1	  4.0%
Thr (T)   2	  8.0%
Trp (W)   1	  4.0%
Tyr (Y)   0	  0.0%
Val (V)   4	 16.0%
Pyl (O)   0	  0.0%
Sec (U)   0	  0.0%

 (B)   0	  0.0%
 (Z)   0	  0.0%
 (X)   0	  0.0% MIN: -0.633 MAX: 0.856 MIN: -0.678 MAX: 0.856 Max_score_pos at "*"
(1) Score 1.093 length 15 at residues 8->22
*
Sequence: VTALWGKVNVDEVEA
| |
8 22 SOPMA :
   Alpha helix     (Hh) :    14 is  56.00%
   310  helix       (Gg) :     0 is   0.00%
   Pi helix        (Ii) :     0 is   0.00%
   Beta bridge     (Bb) :     0 is   0.00%
   Extended strand (Ee) :     1 is   4.00%
   Beta turn       (Tt) :     2 is   8.00%
   Bend region     (Ss) :     0 is   0.00%
   Random coil     (Cc) :     8 is  32.00%
   Ambigous states (?)  :     0 is   0.00%
   Other states         :     0 is   0.00%
Vir_2B HITPEESGVTALWGKVNVDEVEALGR catattaccccggaagaaagcggcgtgaccgcgctgtggggcaaagtgaacgtggatgaa gtggaagcgctgggccgc 4.57 2807.11 Ala (A)   2	  7.7%
Arg (R)   1	  3.8%
Asn (N)   1	  3.8%
Asp (D)   1	  3.8%
Cys (C)   0	  0.0%
Gln (Q)   0	  0.0%
Glu (E)   4	 15.4%
Gly (G)   3	 11.5%
His (H)   1	  3.8%
Ile (I)   1	  3.8%
Leu (L)   2	  7.7%
Lys (K)   1	  3.8%
Met (M)   0	  0.0%
Phe (F)   0	  0.0%
Pro (P)   1	  3.8%
Ser (S)   1	  3.8%
Thr (T)   2	  7.7%
Trp (W)   1	  3.8%
Tyr (Y)   0	  0.0%
Val (V)   4	 15.4%
Pyl (O)   0	  0.0%
Sec (U)   0	  0.0%

 (B)   0	  0.0%
 (Z)   0	  0.0%
 (X)   0	  0.0% MIN: -0.633 MAX: 0.856 MIN: -0.678 MAX: 0.856 Max_score_pos at "*"
(1) Score 1.093 length 15 at residues 9->23
*
Sequence: VTALWGKVNVDEVEA
| |
9 23 SOPMA :
   Alpha helix     (Hh) :    14 is  53.85%
   310  helix       (Gg) :     0 is   0.00%
   Pi helix        (Ii) :     0 is   0.00%
   Beta bridge     (Bb) :     0 is   0.00%
   Extended strand (Ee) :     2 is   7.69%
   Beta turn       (Tt) :     2 is   7.69%
   Bend region     (Ss) :     0 is   0.00%
   Random coil     (Cc) :     8 is  30.77%
   Ambigous states (?)  :     0 is   0.00%
   Other states         :     0 is   0.00%
Vir_2C TPEEKSGVTALWGKVNVDEVEALGR accccggaagaaaaaagcggcgtgaccgcgctgtggggcaaagtgaacgtggatgaagtg gaagcgctgggccgc 4.58 2684.99 Ala (A)   2	  8.0%
Arg (R)   1	  4.0%
Asn (N)   1	  4.0%
Asp (D)   1	  4.0%
Cys (C)   0	  0.0%
Gln (Q)   0	  0.0%
Glu (E)   4	 16.0%
Gly (G)   3	 12.0%
His (H)   0	  0.0%
Ile (I)   0	  0.0%
Leu (L)   2	  8.0%
Lys (K)   2	  8.0%
Met (M)   0	  0.0%
Phe (F)   0	  0.0%
Pro (P)   1	  4.0%
Ser (S)   1	  4.0%
Thr (T)   2	  8.0%
Trp (W)   1	  4.0%
Tyr (Y)   0	  0.0%
Val (V)   4	 16.0%
Pyl (O)   0	  0.0%
Sec (U)   0	  0.0%

 (B)   0	  0.0%
 (Z)   0	  0.0%
 (X)   0	  0.0%
MIN: -1.211 MAX: 0.856 MIN: -0.678 MAX: 0.856 Max_score_pos at "*"
(1) Score 1.093 length 16 at residues 7->22
*
Sequence: GVTALWGKVNVDEVEA
| |
7 22 SOPMA :
   Alpha helix     (Hh) :    15 is  60.00%
   310  helix       (Gg) :     0 is   0.00%
   Pi helix        (Ii) :     0 is   0.00%
   Beta bridge     (Bb) :     0 is   0.00%
   Extended strand (Ee) :     1 is   4.00%
   Beta turn       (Tt) :     2 is   8.00%
   Bend region     (Ss) :     0 is   0.00%
   Random coil     (Cc) :     7 is  28.00%
   Ambigous states (?)  :     0 is   0.00%
   Other states         :     0 is   0.00%
Vir_3A AITPEEKSAGAVTAIWAKVNVDE gcgattaccccggaagaaaaaagcgcgggcgcggtgaccgcgatttgggcgaaagtgaac gtggatgaa 4.58 2684.99 Ala (A)   5	 21.7%
Arg (R)   0	  0.0%
Asn (N)   1	  4.3%
Asp (D)   1	  4.3%
Cys (C)   0	  0.0%
Gln (Q)   0	  0.0%
Glu (E)   3	 13.0%
Gly (G)   1	  4.3%
His (H)   0	  0.0%
Ile (I)   2	  8.7%
Leu (L)   0	  0.0%
Lys (K)   2	  8.7%
Met (M)   0	  0.0%
Phe (F)   0	  0.0%
Pro (P)   1	  4.3%
Ser (S)   1	  4.3%
Thr (T)   2	  8.7%
Trp (W)   1	  4.3%
Tyr (Y)   0	  0.0%
Val (V)   3	 13.0%
Pyl (O)   0	  0.0%
Sec (U)   0	  0.0%

 (B)   0	  0.0%
 (Z)   0	  0.0%
 (X)   0	  0.0% MIN: -1.200 MAX: 1.544 MIN: -1.011 MAX: 0.878 Max_score_pos at "*"
(1) Score 1.083 length 12 at residues 9->20
*
Sequence: AGAVTAIWAKVN
| |
9 20 SOPMA :
   Alpha helix     (Hh) :    10 is  43.48%
   310  helix       (Gg) :     0 is   0.00%
   Pi helix        (Ii) :     0 is   0.00%
   Beta bridge     (Bb) :     0 is   0.00%
   Extended strand (Ee) :     0 is   0.00%
   Beta turn       (Tt) :     1 is   4.35%
   Bend region     (Ss) :     0 is   0.00%
   Random coil     (Cc) :    12 is  52.17%
   Ambigous states (?)  :     0 is   0.00%
   Other states         :     0 is   0.00%
Vir_3B ALHPEEKSAGAAVTAIWANVDEV gcgctgcatccggaagaaaaaagcgcgggcgcggcggtgaccgcgatttgggcgaacgtg gatgaagtg 4.40 2378.62 Ala (A)   6	 26.1%
Arg (R)   0	  0.0%
Asn (N)   1	  4.3%
Asp (D)   1	  4.3%
Cys (C)   0	  0.0%
Gln (Q)   0	  0.0%
Glu (E)   3	 13.0%
Gly (G)   1	  4.3%
His (H)   1	  4.3%
Ile (I)   1	  4.3%
Leu (L)   1	  4.3%
Lys (K)   1	  4.3%
Met (M)   0	  0.0%
Phe (F)   0	  0.0%
Pro (P)   1	  4.3%
Ser (S)   1	  4.3%
Thr (T)   1	  4.3%
Trp (W)   1	  4.3%
Tyr (Y)   0	  0.0%
Val (V)   3	 13.0%
Pyl (O)   0	  0.0%
Sec (U)   0	  0.0%

 (B)   0	  0.0%
 (Z)   0	  0.0%
 (X)   0	  0.0% MIN: -1.478 MAX: 1.556 MIN: -1.100 MAX: 0.867 Max_score_pos at "*"
(1) Score 1.076 length 9 at residues 10->18
*
Sequence: GAAVTAIWA
| |
10 18 SOPMA :
   Alpha helix     (Hh) :    17 is  73.91%
   310  helix       (Gg) :     0 is   0.00%
   Pi helix        (Ii) :     0 is   0.00%
   Beta bridge     (Bb) :     0 is   0.00%
   Extended strand (Ee) :     0 is   0.00%
   Beta turn       (Tt) :     0 is   0.00%
   Bend region     (Ss) :     0 is   0.00%
   Random coil     (Cc) :     6 is  26.09%
   Ambigous states (?)  :     0 is   0.00%
   Other states         :     0 is   0.00%
Vir_3C MITPEEKSAGAVTAIWGVDE atgattaccccggaagaaaaaagcgcgggcgcggtgaccgcgatttggggcgtggatgaa 4.24 2104.36 Ala (A)   6	 26.1%
Arg (R)   0	  0.0%
Asn (N)   1	  4.3%
Asp (D)   1	  4.3%
Cys (C)   0	  0.0%
Gln (Q)   0	  0.0%
Glu (E)   3	 13.0%
Gly (G)   1	  4.3%
His (H)   1	  4.3%
Ile (I)   1	  4.3%
Leu (L)   1	  4.3%
Lys (K)   1	  4.3%
Met (M)   0	  0.0%
Phe (F)   0	  0.0%
Pro (P)   1	  4.3%
Ser (S)   1	  4.3%
Thr (T)   1	  4.3%
Trp (W)   1	  4.3%
Tyr (Y)   0	  0.0%
Val (V)   3	 13.0%
Pyl (O)   0	  0.0%
Sec (U)   0	  0.0%

 (B)   0	  0.0%
 (Z)   0	  0.0%
 (X)   0	  0.0% MIN: -1.200 MAX: 1.567 MIN: -1.067 MAX: 0.878 Max_score_pos at "*"
(1) Score 1.094 length 9 at residues 9->17
*
Sequence: AGAVTAIWG
| |
9 17 SOPMA :
   Alpha helix     (Hh) :     9 is  45.00%
   310  helix       (Gg) :     0 is   0.00%
   Pi helix        (Ii) :     0 is   0.00%
   Beta bridge     (Bb) :     0 is   0.00%
   Extended strand (Ee) :     1 is   5.00%
   Beta turn       (Tt) :     2 is  10.00%
   Bend region     (Ss) :     0 is   0.00%
   Random coil     (Cc) :     8 is  40.00%
   Ambigous states (?)  :     0 is   0.00%
   Other states         :     0 is   0.00%

Darmowy hosting zapewnia PRV.PL

Nazwa	Sekwencja aa	Sekwencja DNA	Ip	molWt	Aa composit.	Hydrofob + profil	Hydrofil + profil	Antygen + profil	Second. Struct.
1HBB	VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGR	gtgcatctgaccccggaagaaaaaagcgcggtgaccgcgctgtggggcaaagtgaacgtg gatgaagtgggcggcgaagcgctgggccgc	4.96	3162.55	Ala (A) 3 10.0% Arg (R) 1 3.3% Asn (N) 1 3.3% Asp (D) 1 3.3% Cys (C) 0 0.0% Gln (Q) 0 0.0% Glu (E) 4 13.3% Gly (G) 4 13.3% His (H) 1 3.3% Ile (I) 0 0.0% Leu (L) 3 10.0% Lys (K) 2 6.7% Met (M) 0 0.0% Phe (F) 0 0.0% Pro (P) 1 3.3% Ser (S) 1 3.3% Thr (T) 2 6.7% Trp (W) 1 3.3% Tyr (Y) 0 0.0% Val (V) 5 16.7% Pyl (O) 0 0.0% Sec (U) 0 0.0% (B) 0 0.0% (Z) 0 0.0% (X) 0 0.0%	MIN: -1.289 MAX: 1.100	MIN: -0.733 MAX: 0.722	Max_score_pos at "" (1) Score 1.087 length 16 at residues 8->23 Sequence: KSAVTALWGKVNVDEV \| \| 8 23	SOPMA : Alpha helix (Hh) : 12 is 40.00% 310 helix (Gg) : 0 is 0.00% Pi helix (Ii) : 0 is 0.00% Beta bridge (Bb) : 0 is 0.00% Extended strand (Ee) : 3 is 10.00% Beta turn (Tt) : 4 is 13.33% Bend region (Ss) : 0 is 0.00% Random coil (Cc) : 11 is 36.67% Ambigous states (?) : 0 is 0.00% Other states : 0 is 0.00%
Vir_1A	VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGR	gtgcatctgaccccggaagaaaaaagcgcggtgaccgcgctgtggggcaaagtgaacgtg gatgaagtgggcggcgaagcgctgggccgc	4.96	3162.55	Ala (A) 3 10.0% Arg (R) 1 3.3% Asn (N) 1 3.3% Asp (D) 1 3.3% Cys (C) 0 0.0% Gln (Q) 0 0.0% Glu (E) 4 13.3% Gly (G) 4 13.3% His (H) 1 3.3% Ile (I) 0 0.0% Leu (L) 3 10.0% Lys (K) 2 6.7% Met (M) 0 0.0% Phe (F) 0 0.0% Pro (P) 1 3.3% Ser (S) 1 3.3% Thr (T) 2 6.7% Trp (W) 1 3.3% Tyr (Y) 0 0.0% Val (V) 5 16.7% Pyl (O) 0 0.0% Sec (U) 0 0.0% (B) 0 0.0% (Z) 0 0.0% (X) 0 0.0%	MIN: -1.289 MAX: 1.100	MIN: -0.733 MAX: 0.722	Max_score_pos at "" (1) Score 1.087 length 16 at residues 8->23 Sequence: KSAVTALWGKVNVDEV \| \| 8 23	SOPMA : Alpha helix (Hh) : 12 is 40.00% 310 helix (Gg) : 0 is 0.00% Pi helix (Ii) : 0 is 0.00% Beta bridge (Bb) : 0 is 0.00% Extended strand (Ee) : 3 is 10.00% Beta turn (Tt) : 4 is 13.33% Bend region (Ss) : 0 is 0.00% Random coil (Cc) : 11 is 36.67% Ambigous states (?) : 0 is 0.00% Other states : 0 is 0.00%
Vir_1B	LTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGR	ctgaccccggaagaaaaaagcgcggtgaccgcgctgtggggcaaagtgaacgtggatgaa gtgggcggcgaagcgctgggccgc	4.59	2926.28	Ala (A) 3 10.7% Arg (R) 1 3.6% Asn (N) 1 3.6% Asp (D) 1 3.6% Cys (C) 0 0.0% Gln (Q) 0 0.0% Glu (E) 4 14.3% Gly (G) 4 14.3% His (H) 0 0.0% Ile (I) 0 0.0% Leu (L) 3 10.7% Lys (K) 2 7.1% Met (M) 0 0.0% Phe (F) 0 0.0% Pro (P) 1 3.6% Ser (S) 1 3.6% Thr (T) 2 7.1% Trp (W) 1 3.6% Tyr (Y) 0 0.0% Val (V) 4 14.3% Pyl (O) 0 0.0% Sec (U) 0 0.0% (B) 0 0.0% (Z) 0 0.0% (X) 0 0.0%	MIN: -0.967 MAX: 1.100	MIN: -0.733 MAX: 0.722	Max_score_pos at "" (1) Score 1.087 length 16 at residues 6->21 Sequence: KSAVTALWGKVNVDEV \| \| 6 21	SOPMA : Alpha helix (Hh) : 12 is 42.86% 310 helix (Gg) : 0 is 0.00% Pi helix (Ii) : 0 is 0.00% Beta bridge (Bb) : 0 is 0.00% Extended strand (Ee) : 1 is 3.57% Beta turn (Tt) : 4 is 14.29% Bend region (Ss) : 0 is 0.00% Random coil (Cc) : 11 is 39.29% Ambigous states (?) : 0 is 0.00% Other states : 0 is 0.00%
Vir_2A	LTPEESGVTALWGKVNVDEVEALGR	ctgaccccggaagaaagcggcgtgaccgcgctgtggggcaaagtgaacgtggatgaagtg gaagcgctgggccgc	4.25	2669.97	Ala (A) 2 8.0% Arg (R) 1 4.0% Asn (N) 1 4.0% Asp (D) 1 4.0% Cys (C) 0 0.0% Gln (Q) 0 0.0% Glu (E) 4 16.0% Gly (G) 3 12.0% His (H) 0 0.0% Ile (I) 0 0.0% Leu (L) 3 12.0% Lys (K) 1 4.0% Met (M) 0 0.0% Phe (F) 0 0.0% Pro (P) 1 4.0% Ser (S) 1 4.0% Thr (T) 2 8.0% Trp (W) 1 4.0% Tyr (Y) 0 0.0% Val (V) 4 16.0% Pyl (O) 0 0.0% Sec (U) 0 0.0% (B) 0 0.0% (Z) 0 0.0% (X) 0 0.0%	MIN: -0.633 MAX: 0.856	MIN: -0.678 MAX: 0.856	Max_score_pos at "" (1) Score 1.093 length 15 at residues 8->22 Sequence: VTALWGKVNVDEVEA \| \| 8 22	SOPMA : Alpha helix (Hh) : 14 is 56.00% 310 helix (Gg) : 0 is 0.00% Pi helix (Ii) : 0 is 0.00% Beta bridge (Bb) : 0 is 0.00% Extended strand (Ee) : 1 is 4.00% Beta turn (Tt) : 2 is 8.00% Bend region (Ss) : 0 is 0.00% Random coil (Cc) : 8 is 32.00% Ambigous states (?) : 0 is 0.00% Other states : 0 is 0.00%
Vir_2B	HITPEESGVTALWGKVNVDEVEALGR	catattaccccggaagaaagcggcgtgaccgcgctgtggggcaaagtgaacgtggatgaa gtggaagcgctgggccgc	4.57	2807.11	Ala (A) 2 7.7% Arg (R) 1 3.8% Asn (N) 1 3.8% Asp (D) 1 3.8% Cys (C) 0 0.0% Gln (Q) 0 0.0% Glu (E) 4 15.4% Gly (G) 3 11.5% His (H) 1 3.8% Ile (I) 1 3.8% Leu (L) 2 7.7% Lys (K) 1 3.8% Met (M) 0 0.0% Phe (F) 0 0.0% Pro (P) 1 3.8% Ser (S) 1 3.8% Thr (T) 2 7.7% Trp (W) 1 3.8% Tyr (Y) 0 0.0% Val (V) 4 15.4% Pyl (O) 0 0.0% Sec (U) 0 0.0% (B) 0 0.0% (Z) 0 0.0% (X) 0 0.0%	MIN: -0.633 MAX: 0.856	MIN: -0.678 MAX: 0.856	Max_score_pos at "" (1) Score 1.093 length 15 at residues 9->23 Sequence: VTALWGKVNVDEVEA \| \| 9 23	SOPMA : Alpha helix (Hh) : 14 is 53.85% 310 helix (Gg) : 0 is 0.00% Pi helix (Ii) : 0 is 0.00% Beta bridge (Bb) : 0 is 0.00% Extended strand (Ee) : 2 is 7.69% Beta turn (Tt) : 2 is 7.69% Bend region (Ss) : 0 is 0.00% Random coil (Cc) : 8 is 30.77% Ambigous states (?) : 0 is 0.00% Other states : 0 is 0.00%
Vir_2C	TPEEKSGVTALWGKVNVDEVEALGR	accccggaagaaaaaagcggcgtgaccgcgctgtggggcaaagtgaacgtggatgaagtg gaagcgctgggccgc	4.58	2684.99	Ala (A) 2 8.0% Arg (R) 1 4.0% Asn (N) 1 4.0% Asp (D) 1 4.0% Cys (C) 0 0.0% Gln (Q) 0 0.0% Glu (E) 4 16.0% Gly (G) 3 12.0% His (H) 0 0.0% Ile (I) 0 0.0% Leu (L) 2 8.0% Lys (K) 2 8.0% Met (M) 0 0.0% Phe (F) 0 0.0% Pro (P) 1 4.0% Ser (S) 1 4.0% Thr (T) 2 8.0% Trp (W) 1 4.0% Tyr (Y) 0 0.0% Val (V) 4 16.0% Pyl (O) 0 0.0% Sec (U) 0 0.0% (B) 0 0.0% (Z) 0 0.0% (X) 0 0.0%	MIN: -1.211 MAX: 0.856	MIN: -0.678 MAX: 0.856	Max_score_pos at "" (1) Score 1.093 length 16 at residues 7->22 Sequence: GVTALWGKVNVDEVEA \| \| 7 22	SOPMA : Alpha helix (Hh) : 15 is 60.00% 310 helix (Gg) : 0 is 0.00% Pi helix (Ii) : 0 is 0.00% Beta bridge (Bb) : 0 is 0.00% Extended strand (Ee) : 1 is 4.00% Beta turn (Tt) : 2 is 8.00% Bend region (Ss) : 0 is 0.00% Random coil (Cc) : 7 is 28.00% Ambigous states (?) : 0 is 0.00% Other states : 0 is 0.00%
Vir_3A	AITPEEKSAGAVTAIWAKVNVDE	gcgattaccccggaagaaaaaagcgcgggcgcggtgaccgcgatttgggcgaaagtgaac gtggatgaa	4.58	2684.99	Ala (A) 5 21.7% Arg (R) 0 0.0% Asn (N) 1 4.3% Asp (D) 1 4.3% Cys (C) 0 0.0% Gln (Q) 0 0.0% Glu (E) 3 13.0% Gly (G) 1 4.3% His (H) 0 0.0% Ile (I) 2 8.7% Leu (L) 0 0.0% Lys (K) 2 8.7% Met (M) 0 0.0% Phe (F) 0 0.0% Pro (P) 1 4.3% Ser (S) 1 4.3% Thr (T) 2 8.7% Trp (W) 1 4.3% Tyr (Y) 0 0.0% Val (V) 3 13.0% Pyl (O) 0 0.0% Sec (U) 0 0.0% (B) 0 0.0% (Z) 0 0.0% (X) 0 0.0%	MIN: -1.200 MAX: 1.544	MIN: -1.011 MAX: 0.878	Max_score_pos at "" (1) Score 1.083 length 12 at residues 9->20 Sequence: AGAVTAIWAKVN \| \| 9 20	SOPMA : Alpha helix (Hh) : 10 is 43.48% 310 helix (Gg) : 0 is 0.00% Pi helix (Ii) : 0 is 0.00% Beta bridge (Bb) : 0 is 0.00% Extended strand (Ee) : 0 is 0.00% Beta turn (Tt) : 1 is 4.35% Bend region (Ss) : 0 is 0.00% Random coil (Cc) : 12 is 52.17% Ambigous states (?) : 0 is 0.00% Other states : 0 is 0.00%
Vir_3B	ALHPEEKSAGAAVTAIWANVDEV	gcgctgcatccggaagaaaaaagcgcgggcgcggcggtgaccgcgatttgggcgaacgtg gatgaagtg	4.40	2378.62	Ala (A) 6 26.1% Arg (R) 0 0.0% Asn (N) 1 4.3% Asp (D) 1 4.3% Cys (C) 0 0.0% Gln (Q) 0 0.0% Glu (E) 3 13.0% Gly (G) 1 4.3% His (H) 1 4.3% Ile (I) 1 4.3% Leu (L) 1 4.3% Lys (K) 1 4.3% Met (M) 0 0.0% Phe (F) 0 0.0% Pro (P) 1 4.3% Ser (S) 1 4.3% Thr (T) 1 4.3% Trp (W) 1 4.3% Tyr (Y) 0 0.0% Val (V) 3 13.0% Pyl (O) 0 0.0% Sec (U) 0 0.0% (B) 0 0.0% (Z) 0 0.0% (X) 0 0.0%	MIN: -1.478 MAX: 1.556	MIN: -1.100 MAX: 0.867	Max_score_pos at "" (1) Score 1.076 length 9 at residues 10->18 Sequence: GAAVTAIWA \| \| 10 18	SOPMA : Alpha helix (Hh) : 17 is 73.91% 310 helix (Gg) : 0 is 0.00% Pi helix (Ii) : 0 is 0.00% Beta bridge (Bb) : 0 is 0.00% Extended strand (Ee) : 0 is 0.00% Beta turn (Tt) : 0 is 0.00% Bend region (Ss) : 0 is 0.00% Random coil (Cc) : 6 is 26.09% Ambigous states (?) : 0 is 0.00% Other states : 0 is 0.00%
Vir_3C	MITPEEKSAGAVTAIWGVDE	atgattaccccggaagaaaaaagcgcgggcgcggtgaccgcgatttggggcgtggatgaa	4.24	2104.36	Ala (A) 6 26.1% Arg (R) 0 0.0% Asn (N) 1 4.3% Asp (D) 1 4.3% Cys (C) 0 0.0% Gln (Q) 0 0.0% Glu (E) 3 13.0% Gly (G) 1 4.3% His (H) 1 4.3% Ile (I) 1 4.3% Leu (L) 1 4.3% Lys (K) 1 4.3% Met (M) 0 0.0% Phe (F) 0 0.0% Pro (P) 1 4.3% Ser (S) 1 4.3% Thr (T) 1 4.3% Trp (W) 1 4.3% Tyr (Y) 0 0.0% Val (V) 3 13.0% Pyl (O) 0 0.0% Sec (U) 0 0.0% (B) 0 0.0% (Z) 0 0.0% (X) 0 0.0%	MIN: -1.200 MAX: 1.567	MIN: -1.067 MAX: 0.878	Max_score_pos at "" (1) Score 1.094 length 9 at residues 9->17 Sequence: AGAVTAIWG \| \| 9 17	SOPMA : Alpha helix (Hh) : 9 is 45.00% 310 helix (Gg) : 0 is 0.00% Pi helix (Ii) : 0 is 0.00% Beta bridge (Bb) : 0 is 0.00% Extended strand (Ee) : 1 is 5.00% Beta turn (Tt) : 2 is 10.00% Bend region (Ss) : 0 is 0.00% Random coil (Cc) : 8 is 40.00% Ambigous states (?) : 0 is 0.00% Other states : 0 is 0.00%